После вступления отца на престол (1598) Фёдор стал царевичем и наследником, принимал участие в торжественном вступлении отца в столицу 30 апреля. В 1599 году 10-летний царевич собственноручным письмом известил монахов Троице-Сергиева монастыря о болезни отца, который не смог к ним приехать. Привлекался к государственным обязанностям (уже в 9-летнем возрасте имел собственную государственную печать), регулярно заседал в Боярской думе, принимал послов, в том числе женихов сестры Ксении — Густава Шведского и Иоанна Датского, участвовал в судебной и благотворительной деятельности отца (в частности, во время голода в 1601—03 годов).

Воспитанием царевича руководил «дядька» Иван Чемоданов. Получил прекрасное образование, готовился отцом в «просвещённые государи»; сам Борис был грамотен, но никакого книжного образования не получил. Н. М. Карамзин называет его «первым плодом Европейского воспитания в России». Несмотря на это, оппозиция распускала в России и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии наследника.

Невесты Фёдора

Известно, что в 1603 году английская королева Елизавета I предлагала Фёдору руку 11-летней знатной англичанки, но дело расстроилось из-за скорой смерти Елизаветы. После этого и по мере приближения совершеннолетия Фёдора Борис начал искать для сына невесту (и заодно очередного жениха для дочери) в православной Грузии, в царстве Картли. Дворянин Ближней Думы Михайло Татищев, отбывший из Москвы в мае 1604 года и прибывший в Грузию в августе того же года, имел поручение привезти в Москву дочь карталинского царя Георгия X (у Карамзина, «князь Юрий») и его жены Мариам (урожд. Дадиани) царевну Елену или Гульчар, а также убедить Георгия X перейти в подданство России. Сохранилось оставленное Татищевым описание царевны, приводимое в XI томе «Истории Государства Российского» Н. М. Карамзина:
« Елену видел я в шатре у Царицы: она сидела между матерью и бабкою на золотом ковре и жемчужном изголовье, в бархатной одежде с кружевами, в шапке, украшенной каменьями драгоценными. Отец велел ей встать, снять с себя верхнюю одежду и шапку: вымерил её рост деревцом и подал мне сию мерку, чтобы сличить с данною от Государя. Елена прелестна, но не чрезвычайно: бела и ещё несколько белится; глаза у неё чёрные, нос небольшой, волосы крашеные, станом пряма, но слишком тонка от молодости: ибо ей только 10 лет; и в лице не довольно полна. »

Георгий X дал присягу, однако царевну оставил у себя до следующего российского посольства; к этому времени Фёдора уже не было в живых.
« Татищев хотел везти в Москву невесту... говоря, что <она> будет жить до совершенных лет у Царицы Марии, учиться языку и навыкать обычаям Русским. <Но Георгий X> удержал Елену до нового Посольства Царского и тем избавил себя от слёз разлуки бесполезной: ибо Елена уже не нашла бы в Москве своего жениха злосчастного! »

Дальнейшая судьба самой царевны неизвестна.

Царствование

Обстоятельства, при которых Фёдор Борисович вступил на московский престол, оказались слишком неблагоприятны для того, чтоб его царствование было долгим и счастливым. Его отец внезапно скончался в разгар войны с двинувшимся на Москву Лжедмитрием I. Присяга, принесённая царю, включала также имена его матери Марии и сестры Ксении Борисовны, а также клятву «не хотеть на царство» Симеона Бекбулатовича и «злодея, именующего себя Дмитрием». Такая формулировка (где не упоминалось имени Григория Отрепьева) дало основания народу считать, что Годуновы отказались от версии, согласно которой самозванец — это Отрепьев, и подозревать, что он — настоящий царевич Дмитрий.

16-летний Фёдор не имел, разумеется, никакого опыта командования войсками и был вынужден положиться на семейство Басмановых, которые уже нанесли Лжедмитрию первые серьёзные поражения. В войсках под крепостью Кромы, где засели союзные Лжедмитрию казаки во главе с атаманом Корелой, остались также Василий и Иван Голицыны, Михаил Глебович Салтыков и Иван Иванович Годунов. В правительство вошли князья Фёдор Иванович Мстиславский, Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские, которых новый царь вызвал обратно из действующей армии в Москву; сыскными делами, как и при Борисе, ведал Семён Годунов. С целью обеспечить лояльность населения правительство Фёдора раздавало огромные подарки «на помин души» царя Бориса, а также объявило амнистию сосланным при Борисе; среди вернувшихся в Москву был двоюродный дядя Фёдора Богдан Бельский, впоследствии сыгравший решающую роль при его аресте.

Предпринятые меры не дали желанных результатов, в частности, опытный старейшина Боярской думы Ф. И. Мстиславский с самого начала вёл двойную игру, в результате чего Семён Годунов распорядился даже тайно умертвить его, но это не было осуществлено из-за быстрого краха династии.
Монета, предположительно отчеканенная при Фёдоре Борисовиче, с именем «Фёдор» и аверсом образца монет Бориса Годунова

Во время семи недель царствования Фёдора была предпринята одна важная внутригосударственная мера: учреждён Каменный приказ (аналог министерства строительства), ведавший каменным строительством Московского государства. Ему подчинялись все мастера каменных дел, известковые и кирпичные заводы в Москве. Учреждение контролировало бюджет городов, где «белый камень добывался».

Нет точных данных о том, успел ли начать Фёдор Годунов, несмотря на краткость правления, чеканку собственной монеты. По одной из версий, для его монет использовалось сочетание реверса чекана царствования Фёдора Ивановича, где было указано только имя («Царь и великий князь Фёдор всея Руси») и аверса чекана времени царствования Бориса Годунова. Если это так, то он стал единственным царём, для монет которого не было изготовлено специального штемпеля. Интересно, что на ряде монет с аверсом времени Бориса Годунова на реверсе указано «Фёдор Иванович». Такие монеты с именем «Федор» и отчеством «Иванович» чеканились в кратковременное междуцарствие Федора Годунова и Лжедмитрия политическими силами, не признававшими Годуновых, а выступавших от имени последнего законного царя Рюриковича - Федора Ивановича.

Фёдор Борисович был единственным московским царём (не считая фактически не правившего Владислава Сигизмундовича), над которым не был совершён обряд венчания на царство.

Убийство Фёдора Годунова. Картина К. Е. Маковского (1862)

Оценка

Современники (русские и иностранные), а также многие историки расценивали Фёдора, его мать и сестру как невинных жертв преступного властолюбия Бориса Годунова, покаранного Богом за убийство царевича Дмитрия (такая точка зрения выражена уже в анонимном «Ином сказании» времён Василия Шуйского: «О, ослепление, о его неистовства, о многие окаянства… Где его супруга и любимые чада? Кто может его жену и чад отнять у палача?»).
Афористичная формулировка такого подхода принадлежит Н. М. Карамзину:
« Сын естественно наследовал права его, утвержденные двукратною присягою, и как бы давал им новую силу прелестию своей невинной юности, красоты мужественной, души равно твердой и кроткой; он соединял в себе ум отца с добродетелию матери и шестнадцати лет удивлял вельмож даром слова и сведениями необыкновенными в тогдашнее время: первым счастливым плодом Европейского воспитания в России; рано узнал и науку правления, отроком заседая в Думе; узнал и сладость благодеяния, всегда употребляемый родителем в посредники между законом и милостию. Чего нельзя было ожидать Государству от такого Венценосца? Но тень Борисова с ужасными воспоминаниями омрачала престол Феодоров: ненависть к отцу препятствовала любви к сыну... «Святая кровь Димитриева, — говорят Летописцы, — требовала крови чистой, и невинные пали за виновного, да страшатся преступники и за своих ближних!» Многие смотрели только с любопытством, но многие и с умилением: жалели о Марии, которая, быв дочерью гнуснейшего из палачей Иоанновых и женою святоубийцы, жила единственно благодеяниями, и коей Борис не смел никогда открывать своих злых намерений; еще более жалели о Феодоре, который цвел добродетелию и надеждою: столько имел и столько обещал прекрасного для счастия России, если бы оно угодно было Провидению! »

В наше время, когда царь Борис в значительной степени исторически «реабилитирован», такой взгляд кажется упрощённым, однако то, что Фёдор, всесторонне подготовленный к престолу талантливый и образованный юноша, заслуживал лучшей участи и мог стать одним из выдающихся русских государей, едва ли ставится под сомнение. Политический хаос Смутного времени поглотил многие прогрессивные начинания Бориса Годунова вместе с его наследником, который, возможно, был бы достойным продолжателем отцовской политики.

Тем, кто  интересуется темой Смутного времени, рекомендую почитать Скрынникова "Борис Годунов"-доктора исторических наук, очень документировано, доказательно и ясно излагает ситуации исторические...)